Promover la conservación y el manejo sustentable de los recursos naturales y los mecanismos participativos, especialmente de las comunidades locales, en la gestión ambiental. Para lograr este objetivo, la IMDS está compuesta por dos componentes principales:

El componente Ambiental promueve la conservación y el manejo sostenible de los recursos naturales y los mecanismos participativos, especialmente de las comunidades locales, en la gestión ambiental. Se basa en los principios del Corredor Biológico Mesoamericano y las prioridades ambientales del Plan Ambiental de la Región Centroamericana, promovida por la Comisión Centroamericana de Ambiente y Desarrollo. Aborda la variable ambiental en dos direcciones: a) Modernización de las políticas, sistemas de gestión ambiental y armonización regional de normas, estándares y metodologías; y b) Conservación y uso sostenible de los recursos naturales.

El componente de Desarrollo Agropecuario y Rural por su parte, promueve el desarrollo agropecuario y rural para el crecimiento económico y la reducción de la pobreza rural en la región mesoamericana, mejorando el clima de negocios y la competitividad de la economía rural, con base en un manejo sostenible de los recursos naturales.