En junio y noviembre del 2003,  la Comisión Ejecutiva del Plan firmó Memoranda de Entendimiento con los Ministros de Ambiente y Agricultura de los ocho países, con el objeto de coordinar el impulso de esta iniciativa.   

La Comisión Centroamericana de Ambiente y Desarrollo (CCAD) en los últimos años ha sido uno de los organismos de integración más dinámicos, tanto en el desarrollo de políticas y protocolos regionales en diferentes temas, como en la ejecución de programas regionales financiados por entidades de cooperación internacional.  En el tema de coordinación intersectorial, la Comisión ha tomado una actitud proactiva tratando de  promover el diálogo y el trabajo conjunto con sus contrapartes en las áreas de salud, agricultura y comercio, entre otros.  

Dada la estrecha coordinación que debe existir entre el desarrollo de esta iniciativa y el trabajo de la CCAD, que incluye a México como observador, en junio del 2003 se firmó en la ciudad de Washington DC un Memorándum de Entendimiento entre los Comisionados de los ocho países y los correspondientes Ministros de Ambiente. En éste se estableció la responsabilidad conjunta de la Comisión Ejecutiva del PPP, el Consejo de Ministros de la CCAD y la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales de México (SEMARNAT), de llevar adelante la iniciativa y que sus prioridades sean debidamente instrumentadas en sus respectivos países.  

En el documento se designa al Comisionado Presidencial responsable de la IMDS para facilitar la coordinación entre esas partes, y se crea una Comisión Técnica formada por funcionarios de los Ministerios de Ambiente de Centroamérica y México y la Secretaría Ejecutiva de la CCAD.  

Por otra parte, en su planteamiento inicial, lanzado por los Presidentes de los ocho países a mediados del año 2001, el PPP no contemplaba explícitamente el desarrollo agropecuario y rural,  hasta que en  la Declaración de la Quinta Cumbre de los Jefes de Estado y de Gobierno de los países integrantes del  Mecanismo de Diálogo y Concertación de Tuxtla, realizada en Mérida, Yucatán entre el 27 y 28 de junio del 2002, se acogió la propuesta de los Ministros de Agricultura miembros del CORECA “para que en el marco del Plan Puebla-Panamá el desarrollo rural y el agropecuario tengan la relevancia que corresponde a las necesidades alimentarias y de ingresos de su población tanto rural como urbana. En ese sentido, instruir a la Comisión Ejecutiva del Plan Puebla-Panamá, para que en un plazo no mayor de 90 días, incorpore al Plan lo relativo al desarrollo agropecuario y rural dando especial énfasis a las áreas de seguridad alimentaria y nutricional; desarrollo y ordenamiento pesquero; fortalecimiento e integración de los mercados y agronegocios regionales; innovación y desarrollo tecnológico; y fortalecimiento de la sanidad, inocuidad y calidad agrosanitaria…”.  

El 12 de noviembre del 2003 se firmó en la Ciudad de Panamá el Memorándum de Entendimiento entre los Comisionados y los Ministros de Agricultura, a través del cual se incorpora oficialmente el componente de Desarrollo Agropecuario y Rural dentro de la IMDS. Los firmantes adquirieron conjuntamente la responsabilidad de impulsar y ejecutar este componente, bajo la coordinación del Comisionado responsable.  

Como resultado de este acuerdo, se crea la Comisión Técnica Regional integrada por los enlaces de los Ministerios de Agricultura para el PPP. La misma está encargada de recibir y evaluar propuestas de proyectos con base en ciertos criterios orientadores que ya han sido definidos, recomendar al Consejo de Ministros los que cumplan con dichos criterios, determinar los mecanismos a seguir para la gestión y el financiamiento de los proyectos aprobados por los Ministros y dar seguimiento a los mismos.  

Asimismo, se crea una Subcomisión Técnica formada por el BCIE, BID, CEPAL, FAO, IICA, INCAE y la Secretaría del CORECA, para asistir a los Ministros y al Comisionado Responsable en el proceso de identificación, selección, formulación y gestión financiera de los proyectos regionales a incluir dentro del componente de Desarrollo Agropecuario y Rural de la IMDS. 

La Iniciativa comparte la visión de la ALIDES, y a partir de ésta, un programa o proyecto sostenible debe conjugar los elementos de desarrollo económico, social y ambiental. Lo anterior es importante porque podría haber proyectos que busquen desarrollo económico pero no tengan sostenibilidad ambiental o social, al igual que podría pensarse en proyectos de desarrollo social o ambiental que no tengan sostenibilidad económica.  

Los objetivos generales de la IMDS pueden resumirse de la siguiente manera: 

• Promover condiciones de desarrollo sustentable regional en forma integral.
• Promover la conservación y el aprovechamiento de los recursos naturales con miras a potenciar su valor económico.
• Proteger la riqueza de la diversidad biológica y cultural.
• Propiciar mecanismos de gestión participativa, especialmente de las comunidades locales e indígenas.
• Promover el carácter transversal del Desarrollo Sostenible en las otras iniciativas del PPP.
• Procurar la armonización de las diferentes regulaciones en materia de gestión ambiental.
• Garantizar la vinculación de los componentes ambientales y agropecuarios de la IMDS.