Desde la creación del Plan Puebla Panamá, en la IMDH se suscribieron Memoranda de entendimiento para: i) la coordinación de la Iniciativa de Desarrollo Humano, ii) el Componente de Salud, iii) el Componente de Educación, y iv) el Componente de Cultura. Asimismo, cabe resaltar la instalación del Consejo Mesoamericano de Desarrollo Humano, la instalación del Secretariado Técnico de la IMDH, la instalación de la Comisión de Acreditación y Promoción de Proyectos Educativos (CAPP), y aprobación para la creación de la Comisión de Acreditación y Promoción de Proyectos Culturales (CAPPC), la instalación de la Comisión de Seguimiento y Evaluación de Salud (COTSE), la elaboración del Plan de Acción de la IMDH, y la vinculación con Iniciativa de Telecomunicaciones en el tema de centros comunitarios digitales.

La firma del Memorándum de Entendimiento para la Coordinación de la IMDH, se celebró el 25 de marzo de 2004 durante la VI Cumbre de Tuxtla, en la ciudad de Managua, Nicaragua. En dicho Memorándum se reafirma "que el desarrollo humano se reconoce como tema de interés mesoamericano y que es posible emprender esfuerzos conjuntos mediante la cooperación y el intercambio de experiencias, a partir del reconocimiento de los Objetivos de Desarrollo del Milenio; del Memorándum de Entendimiento del Componente de Salud; del Memorándum de Entendimiento para la Creación de la Comisión de Acreditación y Promoción de Proyectos Educativos para la Región Mesoamericana (CAPP); de las Declaraciones Ministeriales de Salud y de Educación, y de los proyectos en proceso de instrumentación identificados en el contexto de la IMDH".

El 22 de noviembre de 2004 se instaló y se realizó la Primera Reunión del Consejo Mesoamericano de Desarrollo Humano (CMDH), instancia de coordinación y supervisión de los trabajos para la instrumentación de los proyectos de la IMDH, que busca articular sus componentes desde una perspectiva multisectorial y preservar la transversalidad del desarrollo humano en las demás iniciativas del PPP.

El CMDH reconoce la competencia del Consejo de Ministros de Salud de Centroamérica (COMISCA), a través de la Comisión Técnica de Seguimiento y Evaluación (COTSE) del Componente de Salud del PPP, y de la Coordinación de Educación y Cultura Centroamericana (CEEC), a través de la Comisión de Acreditación y Promoción de Proyectos Educativos (CAPP), y de la Comisión de Acreditación de Proyectos Culturales (CAPPC) del PPP.